マークルツリー(Merkle tree)とは、暗号学及びコンピュータの分野において、大規模なツリー構造を利用してデータを効率的に格納、かつ安全に検証する方法である。データ検証のためにファイルではなくハッシュを利用するためハッシュツリーとも呼ばれる。1979年ラルフ・マークル(Ralph Merkle)によって開発された。全てのノードのデータブロックはラベル付けされ紐付いている。ビットコインなどの暗号通貨、BitTorrent、GitなどのP2Pネットワークに利用されている。